根据国际上对益生菌菌株安全性评估的新进展和我国对益生菌安全性评价的需求，针对新属种的益生菌菌株的安全性评估，应基于全基因组测序生物信息分析，阐述待评价的益生菌菌株所携带的耐药基因、致病性基因和环境抗性基因的特征，结合体外微生物学检测和体内动物毒理学评价，以及人群和临床试验的安全评价等作为关键标准，判断菌株的安全性。

目前市场上的主流益生菌菌株主要分离自健康人体和具有长期安全食用历史的发酵食品，大多数菌株被认为无致病性的共生微生物。我国市场上使用的益生菌安全性已得到欧洲食品安全局、美国食品药品监督管理局中国国家卫生健康委员会等权威机构的认可。益生菌产品应用于健康消费者是安全的。

我国基本形成了一套较为完善的益生菌标准法规体系。在使用菌种的选择上，原卫生部2001年颁布《可用于保健食品的益生菌菌种名单》，2010年颁布《可用于食品的菌种名单》和2011年颁布《可用于婴幼儿食品的菌种名单》。近几年基于科学的基础研究成果又通过批准文号、许可公告或者是主动公布清单等形式发布可使用的菌种名录。配合上述菌种在食品中的使用与监管。