很多人在服用初期会有腹泻的现象，这并不是副作用，而是出现了“赫氏消亡反应”。益生菌进入肠道，在消灭有害菌的过程中，有害菌为了存活会释放比平时量更多的毒素，或者改变代谢途径生成新型毒素来对抗有益菌，而这些毒素在对抗有益菌的同时，会让身体出现症状加重的假象（如便秘、腹泻、腹痛、胀气比之前更厉害等），医学上称之为“赫氏消亡反应”。大约有20%的人群服用益生菌会产生“赫氏消亡反应”，通常为1~2周（极个别严重者或持续到4周）就会消失，从而转向身体康复阶段。“赫氏消亡反应”本质上是一种好转反应。