1908年，俄罗斯诺贝尔奖获得者Elie Metchnikoff指出，食用含有乳酸菌的发酵乳制品能够促进健康和延长寿命。他认为，这些乳酸菌伴随食物进入人体肠道，抑制了有害菌的作用。因此，Elie Metchnikoff通常被认为是.早的“益生菌”概念提出者。

1965年，Lilly D. M.和Stillwell R. H.在Science杂志上发表的论文中，..使用了“Probiotic”并提出.早的科学定义，益生菌能促进其他微生物生长作用。

2001年，世界粮农组织（FAO）和世界卫生组织（WHO）对益生菌的定义: 益生菌是活的微生物，当摄入充足的数量时，对宿主产生健康益处。

2014年，国际益生菌与益生元科学协会（ISAPP）发表的共识继续认可FAO/WHO的定义，并强调了益生菌菌株鉴定和安全性评价的重要性，只有在进行分离鉴定、安全评价及功能试验之后符合益生菌概念的，才能称为益生菌。

2019年5月，中国营养学会益生菌益生元与健康分会发布了《益生菌与健康..共识》。益生菌特指食品中的有益微生物，发酵食品中的微生物、肠道中的有益菌、粪菌移植物及相关制品不属于当前益生菌概念。

该定义指出益生菌应具有以下方面: 益生菌必须是活的微生物，益生菌必须经过安全评价且证明是安全的，益生菌的有益作用必须有充足的证据，益生菌的健康作用具有菌株特异性并且与其剂量有关。