小儿肠道菌群的变化可表现在不同的分娩方式上。如剖宫产的小儿，相对于自然分娩小儿来说，更容易发生湿疹等过敏性疾病，究其有关机制是肠道菌群的变化。

自然分娩的婴儿在分娩过程中，与母亲产道、皮肤接触，可促进母体的益生菌定植于婴儿肠道内，促使Th2 向Th1免疫偏倚，而不易发生过敏。在剖宫产的婴儿中，接触母亲体内的细菌则较少，取而代之的是医院环境中的细菌，无法诱导Th1的上调15。