女性阴道与人的肠道类似，是一个复杂的微生态系统，其内寄生着至少50种以上的微生物，其中以厌氧菌和兼性厌氧性乳酸菌为主。除了细菌以外，现在确定可以定植于正常阴道的微生物还有真菌、原虫和病毒,它们主要寄居于阴道四周的侧壁黏膜中。

这些微生物之间相互制约、相互作用、相互依赖,有层次、有顺序地定植于阴道黏膜上皮：其中占优势地位的细菌是乳杆菌。利用乳杆菌能够防治细菌性阴道炎等疾病的基本原理是，通过替代、排斥和竞争机制阻止其他致病微生物粘附于阴道上皮细胞，还可以分泌细菌素、乳酸、表面活性物质和过氧化氢（H₂O）等抑制致病微生物生长，从而保证了女性的健康。

但随着机体内外环境变化，如雌激素水平、月经、妊娠、年龄和频繁的性交史等的变化都可以影响这个系统的平衡，使阴道微生物群发生变化，也就造成了阴道菌群的失衡。

由于致病性微生物的入侵，使阴道菌群失调，便出现各种生殖道疾病，这些致病微生物进入阴道后粘附于阴道上皮细胞上，与以乳杆菌为主的阴道菌群展开竞争，若形成优势，则生长频繁，从而产生了阴道炎症。由此可见，乳酸杆菌在维护机体健康方面是多么的重要。